Uma outra ideia fundamental da estratégia adoptada é a adesão a processos adequados de certificação externa credível da qualidade das explorações e dos produtos.

SOUSA CUNHAL adoptou em 1999 como orientação estratégica fundamental a conversão para o modo de produção como agricultura biológica da generalidade das explorações e dos respectivos produtos vegetais e realizada no âmbito do Regulamento comunitário nº 2092/91/CEE.

Assim encontram-se em processo de conversão para o modo de produção biológica a superficíe forrageira e produção agrícola de todas as explorações à excepção da Amoreira da Torre o que constitui a actualmente maior área de produção biológica o país (5035 ha).

Por outro lado já se encontra concluído o processo de certificação de uma área de olival biológico de 18 ha.

A Sousa Cunhal foi também pioneira na produção de carne fresca biológica certificada em Portugal, produzindo desde 2002 o primeiro produto do género: o peru preto do alentejo (Produto de agricultura biológica).

No âmbito do Regulamento CEE/2080/92 a SOUSA CUNHAL produz quatro bens certificados: o Borrego de Montemor-o-Novo IGP, a Vitela do Montado ETG, Bovino Mertolengo DO e a Carne de Porco (preto) Raça Alentejana DO.

Contudo, a par da certificação externa, promove-se a "certificação" directa através do consumidor final, transmitindo - mediante as tecnologias de informação disponíveis e o contacto pessoal - informação objectiva e verificável sobre as matérias primas utilizadas e as condições de produção e de transformação.